基因组测序技术的实用化,改变了寻找基因功能的手段,使具有重要农用价值的基因正以前所未有的速度展现出来。怎样在农作物生产中应用这些基因,成为作物育种的重大挑战。为此我们以抗稻瘟病基因为例,提出了以共进化为基础的抗病基因克隆及抗病基因“富集簇”的分子精准定位的抗稻瘟病育种方法。我们共克隆获得了168个功能性抗稻瘟病基因,其中含27个抗谱广、抗性强的抗稻瘟病基因。通过基因定位分析,发现多个高抗广谱的基因位于某个高抗品种的同一个基因簇中,至少获得6个抗稻瘟病基因的“富集簇”。借助二代测序分析获得的高密度的分子标记,把1个或多个抗病基因富集簇,通过杂交、回交、标记筛选的方法,集中到适应不同环境的中介品种中或直接获得应用品种;或再通过中介品种作为桥梁,改造优良品种的抗病性,从而形成新的抗性的优良品种。这种方法只需检测富集簇的特有标记,同时最大程度保留目的品种的标记,仅最后一代做抗病鉴定,从而大大提高育种效率、缩短育种年限、精确实现育种目标。