王耀南长期从事智能控制理论与装备自动化技术研究与应用,主持完成了国家863、国家自然基金、欧盟第五框架国际合作等国内外重大科技专项,在先进制造装备自动化方面,创建了一套面向工业自动化装备的智能检测与运动控制理论技术体系,自主研制出并产业化了大型高速饮料和食品制造自动化生产线成套装备与视觉检测机器人。成果获国家科技进步二等奖4项、省部科技进步一等奖8项、中国发明创业特等奖1项;出版著作6部,发表SCI收录论文68篇、SCI引用201篇次;获国家发明专利授权58项、计算机软件著作权22项、国家重点新产品5项;培养出博士后、博士、硕士160多名,获全国高等学校优秀骨干教师、德国洪堡学者等多项荣誉称号。